《忍者龙剑传 2》的新战斗系统允许玩家操纵角色隼龙肢解他的敌人，切断他们的四肢并撕裂他们的身体，用血液覆盖他的武器和周围的一切。与《忍者龙剑传》相比，续集包含了更多的血腥场面和暴力画面。肢解会削弱或减慢敌人的速度，这取决于一只手臂或一条腿是否被切断，但不一定能杀死敌人。事实上，一个受伤的敌人会倾向于使用自杀式战术，比如压制龙，在他身上放置一个燃烧手雷，这迫使玩家在受伤的敌人占上风之前，使用新的残酷的“灭却”快速杀死对手。这个新的机制也可以在 boss 角色出现时触发。与其他的动作冒险游戏相比，玩家在战斗中和敌人一样容易受到攻击。

除了标准的近战技巧外，龙还可以在战斗中吸收附近的灵气魂。这……显示全部些有颜色的能量球从被杀死的敌人身体中释放出来，当龙靠近它们的时候，这些能量球被吸收进了他的身体。灵气魂在游戏中扮演重要的角色，治愈龙，恢复他的气，或者增加他的现金。然而，玩家可以操作龙刻意保留灵气魂，然后用来释放强大的“绝技”。当龙打斗并受到伤害时，在龙的健康栏右边有一个红色的栏杆开始增加，这被称为持久伤害。在特定区域杀死了所有敌人之后，他的健康恢复了，但是只到了红条开始的时候。精神生命草药和拯救雕像可以治愈这种持久的伤害。此外，当龙完成了战斗，他都会甩落武器上的血。他对每一件武器都这么做，每一件都有不同的动画效果。龙可以静止不动并格挡攻击（尽管敌人可以打破他的防守，让他容易受到攻击），或者通过一个叫做逆风的动作闪避。游戏也吸纳了前作资料片“飓风包”中的两个元素：镜头旋转和无需灵气魂即可蓄力发动绝技（需要时间来蓄力，可以通过吸收灵气魂加速过程）。

龙将在战斗中使用他的标志性的龙剑，但是新的武器，如日蚀大镰，双刀（真龙剑与邪神剑），双拐，锁镰和硬壳猛禽爪将允许玩家在消灭敌人方面有更多的变化。龙可以使用的新忍法包括凤凰焰舞、破魔裂风刃和暗极重波弹。前作中的忍法“火炎龙”和武器双截镰在游戏中回归。前作中的风车手里剑、爆破手里箭和弓（更名为破魔弓）现在可以像龙的近战武器一样吸取灵气魂来发动绝技。本作的重攻击钮的集气“绝技”相比前作更加血腥华丽，分别有十四种绝技和六种忍法。